Как LPTracker опеределит источник, если клиент переходил по нескольким рекламным объявлениям до создания лида?

К примеру, вы видите баннер на улице, потом еще баннер в метро, а потом видите ту же рекламу в таргетинге в VK, — и, как потребитель, делаете вывод, что стоит посмотреть сайт компании, раз это “крупная” компания, у которой вроде хороший оффер в объявлении, и вы переходите по объявлению из vk.com. В статистике будет источник vk.com.
Иными словами, LPTracker подтягивает в поле Источник последний переход посетителя

Дело в том, что некоторые источники, которые, на первый взгляд, неэффективны, на самом деле играют свою роль и помогают другим источникам быть эффективными.
Но если вы будете просто анализировать отдельно эти источники, баннеры на улице, баннеры в метро, то статистика покажет, что они неэффективны, и вы просто отключите их. И тем самым снизите эффективность рекламы vk.com, так как теперь посетители, которые не видели баннеры на улице и в метро, не считают вас большой компанией и не имеют такого же уровня доверия.
Поэтому промежуточная статистика играет огромную роль в анализе рекламы.

Посетитель сайта сделал закладку сайта с UTM-метками и каждый день или через день заходит по ней. Получается, каждый раз будет списываться стоимость клика?

В этом случае списываться стоимость клика не будет, так как стоимость передает непосредственно Яндекс.Директ, который видит, когда посетитель перешел из рекламы, а переходы из закладок не учитывает.